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内设机构主要职能
办公室
负责本馆日常运转；承担文秘、会议、机要、保密、档案、宣传、信访、统计、财务、国有资产管理、后勤服务、机关安全保卫和社会治安综合治理等工作。
人事科
负责本馆的机构编制、组织人事等管理工作；负责本馆的绩效考核的管理工作；负责机关党的建设和纪检监察工作；负责组织开展对外馆际交流；承担档案专业技术职务评审有关基础性工作；负责退休干部服务和管理工作。
档案管理科
负责属于本馆进馆范围的档案接收工作；负责馆藏档案的整理、编目、鉴定、开放和保管工作；负责馆藏档案资料和政府公开信息的查阅服务工作；负责征集散失在民间具有荆州地方特色的珍贵档案资料和反映重大历史事件、重大建设项目、重要历史人物的档案资料，建立口述历史档案；负责档案保护技术工作；负责本馆档案保管场所和对外服务场所的安全保障工作。
开发利用科
负责档案资料的编研、史料出版、档案展览策划等工作；承办爱国主义教育等展览；负责档案开发利用方面的社会合作交流工作。
科技信息科
负责开展馆藏档案技术保护工作；负责本馆办公自动化、馆藏档案信息化（含档案数字化）和全市电子档案工作；负责本馆电子政务、计算机网络、网站的建设的管理与维护。
业务指导交流科
对档案移交进馆工作提供指导服务；指导县（市、区）国家综合档案馆、其他企事业单位相关业务工作；开展县（市、区）国家综合档案馆业务交流工作；负责人员培训工作；负责市档案馆综合业务统计工作。